大蛇丸，原火之国木叶隐村的三忍之一，与自来也、纲手同为第三代火影猿飞日斩的弟子。具有极其强大的实力和不死身。
擅长研究忍术并渴望得到写轮眼。本身野心极大，由于目睹了太多人的死亡、知道生命是脆弱的而误入歧途，他认为人体中蕴含着一生都无法使用的力量，因此他想获得长生不老从而学习所有忍术，掌握世间的真理。
其野心被多次粉碎，在佐助与鼬一战中被鼬的十拳剑封印。后在第四次忍界大战中，从御手洗红豆和药师兜的身上看见了药师兜的失败，彻底醒悟。之后被佐助复活，与四位火影和鹰小队前往战场支援忍者联军。
大蛇丸自幼父母双亡，与自来也、纲手为木叶隐忍者学校
的同期学员。六岁在忍者学校毕业后，被分配到三代目火影猿飞日斩所带领的班级。
他被第三代火影评为“是个才华洋溢的少年，数十年才出现一个的天才，因此得师父器重，也让自来也对其产生嫉妒之意，认为猿飞老师心中只有大蛇丸一个。（人家也没放弃你这吊车尾啊）
因此在年幼时期，他跟自来也的关系一直处于互相支持，同时也互相竞争的状态（如同旗木卡卡西所说的，就像漩涡鸣人和宇智波佐助的关系一样）。
因为看到了父母及同伴一个个的死亡，本性善良的大蛇丸感觉受到了生命的脆弱，而大蛇丸本身热爱研究，所以便开始研究不老不死之术以及复活死者的术。
在第二次忍界大战中，大蛇丸和自来也、纲手曾联手跟雨隐村头目山椒鱼半藏对战。其他木叶忍者死伤过半，只有他们三人能支持到最后，半藏因而赋予他们木叶三忍的称号。
而在当年的雨隐村任务中，他们三人亦偶遇上三名雨隐村的孤儿，小南、弥彦和长门。原本大蛇丸想杀死三个战争孤儿，但他们因为有自来也的维护的存活下来，更得到自来也传授忍术。
大蛇丸当过御手洗红豆的老师，是木叶备受尊敬的忍者，也曾经一度被认为是第三代火影的继承者。亦曾经担任根的成员，并招揽了药师兜成为他的情报收集员及得力助手。
但后来由于一心研究禁术，并抓走村中忍者作为实验对象。令第三代火影及暗部留意他的古怪行为，（给团藏坑了）最终他叛离木叶，成为叛忍。（当时仍处于全盛时期的三代本想杀他，但最后于心不忍）
他叛离木叶的时候，自来也曾经追上去挽留他，但还是无法改变他离开木叶的决定。后来自来也仍因为当时无法把走向歧路的好朋友劝回来而自责不已，他也因此连火影也不当，多年来都暗中追查大蛇丸的行踪。
曾经初代火影柱间在与宇智波斑的激战中，使用木遁秘术制服了九尾，但是在他之后没有人继承此术，要想制服尾兽，写轮眼或木遁必不可少，于是，木叶村开始倾尽全村之力为复活初代木遁秘术而做起研究。然而，在自愿成为试验体的成年人身上进行的柱间细胞移植试验，却不断失败，增加不少牺牲者，因此这番尝试被视为禁术并封印了起来。
然而，大蛇丸为了收集各种忍术，所以仍旧在继续已被封禁的柱间细胞移植试验，他陆续绑架了村中的下忍、中忍、暗部以及木叶周边村落的六十名婴儿，他从初代火影的尸体中提取出遗传基因，然后把遗传基因注入六十个婴儿的身体中进行人体实验，但排斥反应很强烈，他们相继死去...就在大蛇丸准备处理尸体的时候，因为其他的实验暴露，所以大蛇丸最后离开了木叶。
不久后，在刚获得风魔一族的认同后收到了来自名为晓组织的来信，大蛇丸赴约后发现了天道佩恩的轮回眼，在一段欺骗后准备偷取佩恩的轮回眼，但却不敌突然出现的佩恩六道。当得知晓内拥有大量的研究素材后答应收集尾兽。（游戏《火影忍者疾风传：究极忍者风暴-革命》的设定）
在加入晓组织之后，戒指是“空”，指环戴在左手小拇指上，与蝎组队。相信在那时候，他的转生禁术即使还没完全成功，也接近完成。在宇智波鼬加入后，由于想得到写轮眼的力量，他试图夺取宇智波鼬的身体当转生容器，但被鼬的幻术定住。后来又因为与晓组织的目的不同最终离开晓。
后来他集结势力，在田之国建立了自己的忍者村－音忍者村，标记是八分音符，其势力范围位于火之国的北方。他的重要部下有红莲（动画原创人物）、鬼灯水月、重吾（北方据点）、香燐（南方据点）、药师兜、音忍五人众（即辉夜君麻吕、多由也、次郎坊、鬼童丸、左/右近）等。
大蛇丸与木叶高层志村团藏一直保持着利益合作关系。
十二年后，此时的大蛇丸已进入中年时期，他与第四代风影·罗砂结盟，二人联手进攻木叶，其行动称为“木叶崩溃计划”。他以部下药师兜作间谍潜入木叶隐村，而他自己也伪装成一名来自草隐村的女中忍考生混入木叶隐村。在死亡森林中大蛇丸遇到宇智波佐助，因为大蛇丸打算以佐助的身体当转生容器，所以给了佐助天之咒印，并预言佐助将会为报宇智波一族被灭之仇去找他追求力量。
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