此时摆在明军面前的首要任务就是尽快的攻下赤嵌城，赤嵌城并不是像今天这样的大城，比起中原常见的小县城的规模还要小，从面积上来看只能算是一座城堡，但是城墙修筑的十分坚固，四面都有炮楼，上面分别都装有大小口径的弗朗机炮，射程上面要比明军的红衣大炮稍微远一些，赤嵌城内驻有五百名荷兰士兵，还有四百多人的家眷。
郑成功派出水军战船从海上切断了赤嵌城的退路之后，赤嵌城的荷兰人大为惊恐，他们知道如果不能打通海上的通道，与热兰遮城取得联系的话，赤嵌城是绝对守不住的，于是在明军围城的第二天便派出了以赫克托号为主的三艘大小战船企图冲破明军海面防线。
热兰遮城见赤嵌城出动了战舰，于是连忙派出白鹭号，格拉佛兰号，玛利亚号等五艘战舰前来配合，企图两面夹击一举突破明军的封锁。
此时海面上的明军战舰有多大八十余艘，大多是3000——4000石重的大船，船上一般都装有十五到三十门火炮，水军将士另外装备有大口径的鲁密铳，这是一种近似于现在的散弹枪的一种近战火器。
郑军在镇将陈广、陈冲的指挥下，充分发挥明军数量优势，以五船一队，连成一线，组成一支支小队，穿插迂回，很快就将荷兰军队的战舰分割开来，两军展开了激烈的交战，荷兰士兵士气高昂，原以为明军士兵只是像巴达维亚那一带的土人一样，十分轻视，因此作战起来十分勇猛，两军一开始交战，荷兰人便凭借着火炮数量单对单优势，对明军水军造成了大量杀伤。
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